根據(jù)病原微生物選擇
由于各種微生物對(duì)消毒因子的抵抗力不同，所以要有針對(duì)性地選擇消毒方法。對(duì)于一般細(xì)菌繁殖體、親脂性病毒、螺旋體、 支原體、衣原體和立克次體等，可用煮沸消毒或低效消毒劑等常規(guī)消毒方法，如用潔爾滅、洗必泰等；對(duì)于結(jié)核桿菌、真菌等耐 受力較強(qiáng)的微生物，可選擇中效消毒劑與熱力消毒方法；對(duì)于污染抗力很強(qiáng)的細(xì)菌芽孢需采用熱力、輻射及高效消毒劑的方法，如 過(guò)氧化物類(lèi)、醛類(lèi)與環(huán)氧乙烷等。另外真菌孢子對(duì)紫外線抵抗力強(qiáng)；季銨鹽類(lèi)對(duì)腸道病毒無(wú)效。
根據(jù)消毒對(duì)象選擇
同樣的消毒方法對(duì)不同性質(zhì)的物品消毒效果往往不同。表中介紹了幾種方法對(duì)不同物品（物體）消毒的適用性。但所列出的 方法并不一定是最好的方法，在消毒時(shí)要根據(jù)具體情況靈活運(yùn)用。例如物體表面可擦拭、噴霧，而觸及不到的表面可用熏蒸，小物體還可以浸泡。
在消毒時(shí)，還要注意保護(hù)被消毒物品，使其不受損害。如皮毛制品不耐高溫，對(duì)于食、餐具、茶具和飲水等不能使用有毒或 有異味的消毒劑消毒等。
根據(jù)消毒現(xiàn)場(chǎng)選擇
進(jìn)行消毒的環(huán)境情況往往是復(fù)雜的，對(duì)消毒方法的選擇及效果的影響也是多樣的。如進(jìn)行居室消毒，房屋密閉性好的，可以 選用熏蒸消毒；密閉性差的最好用液體消毒劑處理。對(duì)物品表面消毒時(shí)，耐腐蝕的物品用噴灑的方法好；怕腐蝕的物品要用無(wú)腐 蝕或低腐蝕的化學(xué)消毒劑擦拭的方法消毒。進(jìn)行室內(nèi)空氣消毒時(shí)，通風(fēng)條件好的可以利用自然換氣法；若通風(fēng)不好，污染空氣長(zhǎng) 期滯留在建筑物內(nèi)的，可以使用藥物熏蒸或氣溶膠噴灑等方法處理。又如對(duì)空氣的紫外線消毒，當(dāng)室內(nèi)有人時(shí)只能用反向照射法 （向上方照射），以免對(duì)人造成傷害。
選用消毒方法應(yīng)考慮安全性，例如，在人群集中的地方，不宜使用具有毒性和刺激性的氣體消毒劑，在距火源（50 米以?xún)?nèi)） 的場(chǎng)所，不能使用大量環(huán)氧乙烷氣體消毒。
根據(jù)衛(wèi)生防疫要求消毒
在發(fā)生傳染病的重點(diǎn)地區(qū)或患戶(hù)，要根據(jù)衛(wèi)生防疫要求，選擇合適的消毒方法，加大消毒劑量和消毒頻次，以提高消毒質(zhì)量 和效率。